Nguyễn Khắc Đức sinh ngày 20 tháng 7 năm 1960, quê quán tại xã Đức Lạc, huyện Đức Thọ, tỉnh Hà Tĩnh.[1][2]

Nguyễn Khắc Đức có học vị tiến sĩ.[3]

Năm 2014, Nguyễn Khắc Đức được phong học hàm Phó giáo sư ngành khoa học quân sự (mã số giấy chứng nhận là 2615/PGS).[2]

Năm 2015, Đại tá Nguyễn Khắc Đức, Phó giám đốc Học viện Lục quân Đà Lạt, được thăng quân hàm Thiếu tướng Quân đội nhân dân Việt Nam.[1]

Năm 2019, Thiếu tướng Nguyễn Khắc Đức giữ chức vụ Phó Giám đốc Học viện Lục quân.[4]